Τα πλοία από Χανιά προς Μύκονο λειτουργούνε κανονικά4 φορές την εβδομάδα. Η συχνότητα των δρομολογίων μπορεί να αυξηθεί στις περιόδους αιχμής κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού και να μειωθεί κατά τη χειμερινή περίοδο.

Τα ταξίδια με πλοίο από Χανιά προς Μύκονο παίρνουν κατά μέσο όρο συνήθως 13 h 20 m. Το πρώτο πλοίο συνήθως φεύγει από Χανιά στις 10:00 και φθάνει προς Μύκονο στις09:40.