Τα πλοία από Ηράκλειο προς Μύκονο φθάνουν στην ακμή τους σε πάνω από 2 ημερήσια δρομολόγια. Η συχνότητα πλεύσης συνήθως φθάνει στην ακμή της τους καλοκαιρινούς μήνες, με περίπου 7 αναχωρήσεις που προσφέρονται κάθε εβδομάδα. Ενώ τα προγράμματα μπορεί να μειωθούν από Ηράκλειο προς Μύκονο τις άλλες εποχές, οι ακτοπλοϊκές υπηρεσίες είναι ακόμα διαθέσιμες.

Τα ταξίδια με πλοίο από Ηράκλειο προς Μύκονο παίρνουν κατά μέσο όρο συνήθως 4 h 35 m. Το πρώτο πλοίο συνήθως φεύγει από Ηράκλειο στις 07:30, και φτάνει προς Μύκονο στις 12:20 Το τελευταίο πλοίο συνήθως φεύγει στις08:00 και φθάνει στις 23:10.