Τα πλοία από Νάξο προς Κύθνο λειτουργούνε κανονικά1 φορές την εβδομάδα. Η συχνότητα των δρομολογίων μπορεί να αυξηθεί στις περιόδους αιχμής κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού και να μειωθεί κατά τη χειμερινή περίοδο.

Τα ταξίδια με πλοίο από Νάξο προς Κύθνο παίρνουν κατά μέσο όρο συνήθως 23 h 50 m. Το πρώτο πλοίο συνήθως φεύγει από Νάξο στις 11:40 και φθάνει προς Κύθνο στις11:05.