Τα πλοία από Πειραιά προς Ρέθυμνο λειτουργούνε κανονικά3 φορές την εβδομάδα. Η συ��νότητα των δρομολογίων μπορεί να αυξηθεί στις περιόδους αιχμής κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού και να μειωθεί κατά τη χειμερινή περίοδο.

Τα ταξίδια με πλοίο από Πειραιά προς Ρέθυμνο παίρνουν κατά μέσο όρο συνήθως 10 h 35 m. Το πρώτο πλοίο συνήθως φεύγει από Πειραιά στις 07:00 και φθάνει προς Ρέθυμνο στις19:20.