Les traversées de Milosà Koufonissi peuvent être effectuées jusqu'à 2 fois par jour, La fréquence des départs est généralement plus élevée durant les mois d'été, avec environ 7 départs chaque semaine. La fréquence des traversées de Milos à Koufonissi peut diminuer durant les autres saisons mais le service est toujours assuré.

La traversée de Milos à Koufonissi dure en moyenne 4 h 30 min. Le premier ferry part de Milos à 08:00 et arrive à Koufonissi à 12:30 Le dernier ferry part à 12:25 et arrive à 17:15.