I traghetti da Iraklio a Mykonos possono arrivare al massimo a 2 partenze giornaliere. La frequenza di navigazione di solito è massima nei mesi estivi, con circa 7 partenze a settimana. Sebbene potrebbero operare con orari ridotti in altre stagioni, spesso i servizi di traghetti da Iraklio a Mykonos sono comunque disponibili.

Normalmente il viaggio in traghetto da Iraklio a Mykonos dura in media 4 h 35 m. Di solito, il primo traghetto della giornata parte da Iraklio alle 07:30 e arriva a Mykonos alle 12:20 L'ultimo traghetto della giornata parte alle 08:00 e arriva alle 23:10.