I traghetti da Messina a Stromboli possono arrivare al massimo a 3 partenze giornaliere. La frequenza di navigazione di solito è massima nei mesi estivi, con circa 9 partenze a settimana. Sebbene potrebbero operare con orari ridotti in altre stagioni, spesso i servizi di traghetti da Messina a Stromboli sono comunque disponibili.

Normalmente il viaggio in traghetto da Messina a Stromboli dura in media 2 h 55 m. Di solito, il primo traghetto della giornata parte da Messina alle 06:45 e arriva a Stromboli alle 08:35 L'ultimo traghetto della giornata parte alle 15:00 e arriva alle 21:15.