I traghetti da Stromboli a Messina possono arrivare al massimo a 3 partenze giornaliere. La frequenza di navigazione di solito è massima nei mesi estivi, con circa 9 partenze a settimana. Sebbene potrebbero operare con orari ridotti in altre stagioni, spesso i servizi di traghetti da Stromboli a Messina sono comunque disponibili.

Normalmente il viaggio in traghetto da Stromboli a Messina dura in media 2 h 20 m. Di solito, il primo traghetto della giornata parte da Stromboli alle 08:45 e arriva a Messina alle 08:05 L'ultimo traghetto della giornata parte alle 19:40 e arriva alle 21:30.