Er varen tot wel 2 ferry's per dag van Milos naar Koufonissi. De frequentie is meestal het hoogst in de zomermaanden, met ongeveer 7 afvaarten per week. In andere seizoenen gaan er mogelijk minder ferry's van Milos naar Koufonissi, maar is er meestal wel een ferrydienst beschikbaar.

Een ferryovertocht van Milos naar Koufonissi duurt meestal 4u 30m. De vroegste ferry vertrekt meestal om 08:00 vanuit Milos en komt om 12:30 aan in Koufonissi. De laatste ferry vertrekt om 12:25 en komt om 17:15 aan.